Na Wydziale Lingwistyki Stosowanej prowadzone są stacjonarne i niestacjonarne studia doktoranckie. W realizacji studiów doktoranckich biorą udział następujące jednostki organizacyjne Wydziału:
- Instytut Komunikacji Specjalistycznej i Interkulturowej
- Instytut Lingwistyki Stosowanej
- Katedra Białorutenistyki
- Katedra Rusycystyki
- Katedra Studiów Interkulturowych Europy Środkowo-Wschodniej
- Katedra Ukrainistyki
Każdy uczestnik studiów doktoranckich jest przypisany do jednej z jednostek.